应用程序的编译与安装¶
信息
本部分基于中国科大超算中心用户使用手册——应用程序的编译与安装修改，如有错漏请参考原出处。在此特别致以感谢。
嘉庚智算已经预置了许多专业领域的常用应用，用户可以参考软件使用说明部分提供的说明和索引进行查找。
除此而外，用户还可以自行在用户目录下编译或安装所需的软件。
常见应用程序一般以如下两种方式发布：
- 二进制方式：用户无需编译，只要解压缩后设置相关环境变量等即可。如 Gaussian 1，国内用户只能购买到已经编译好的二进制可执行文件，部分国家和地区用户可以购买到源代码。
- 源代码方式：
- 用户需要自己编译，并且可以按照需要修改编译参数以编译成最适合自己的可执行程序，之后再设置环境变量等使用，如 VASP 2。
- 源代码编译时经常用到的编译命令为
make，编译配置文件为，请查看make命令用法及文件说明。
应用程序一般都有官方的安装说明，建议在安装前，首先仔细阅读，比如到其官网或者查看解压缩后的目录中的类似：install*、readme*等文件。
二进制程序的安装¶
以二进制方式发布的程序，安装相对简单，一般只要解压缩后设置好环境变量即可，以 Gaussian09 为例：
- 将压缩包复制到某个地方，如
- 解压缩：
tar xvf gaussian09.tar.gz3 - 设置环境变量：修改
~/.bashrc，添加：
##Add for g09
export g09root="/opt"
export GAUSS_SCRDIR="/tmp"
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
##End for g09
- 刷新环境设置：
. ~/.bashrc或重新登录到当前用户。
源代码程序的安装¶
以源代码发布的程序安装相对复杂，需了解所采用的编译环境，并对配置等做相应修改（主要修改编译命令、库、头文件等编译参数等）。以VASP为例：
- 解压缩文件：
tar xvf vasp.5.lib.tar.gz
tar xvf vasp.5.2.tar.gz
- 查看说明：
install、readme文件等，VASP解压后的目录中未含有，可以参见上述主页文档安装。 - 生成默认配置文件：
./configure。 - VASP不需要
./configure命令生成，而是提供了几个针对不同系统和编译器的makefile模板，可供用户复制修改。 -
其它程序也许需要
./configure生成所需要的，在运行./configure之前，一般可以运行./configure -h查看其选项。如对Open MPI 1.6.4，可以运行以下命令生成：F77=ifort FC=ifort CC=icc CXX=icpc ./configure --prefix=/opt/openmpi-1.6.4其中：
F77：编译Fortran77源文件的编译器命令FC：编译Fortran90源文件的编译器命令CC：编译C源文件的编译器命令CXX：编译C++源文件的编译器命令-–prefix：安装到的目录前缀。在以普通用户身份进行安装时，请注意是否有该路径的 写入权限。
另外一些在
Makefile中常见变量为：CPP：预处理参数CLAGS：C 程序编译参数CXXFLAGS：C++ 程序编译参数F90：编译 Fortran90 及以后源文件的编译器命令FFLAGS：Fortran 编译参数OFLAG：优化参数INCLUDE：头文件参数LIB：库文件参数LINK：链接参数
-
修改文件配置，设定编译环境等。以 VASP 为例，对
Makefile做如下修改： -
编译：
make - 先在目录中执行
make -
如未出错，则再在目录中执行
make -
安装：
make install。VASP不需要，有些程序需要执行此步。 - 设置环境变量：比如在中设置安装后的可执行程序目录在环境变量
PATH中：
export PATH=$PATH:/opt/vasp.5.2
注释¶
-
Gaussian主页：http://www.gaussian.com/ ↩
-
VASP主页：http://www.vasp.at/ ↩
-
当前主流Linux系统，
tar命令已经能自动识别.gz和.bz压缩，无需再明确添加z或j参数来指定。 ↩ -
高版本 Intel编译器支持
-mkl选项自动指定 Intel MKL 库。 ↩ -
在Makefile中
#表示注释 ↩