GROMACS¶
GROMACS是一套分子动力学模拟程序包，主要用来模拟研究蛋白质、脂质、核酸等生物分子的性质。它起初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发，目前由来自世界各地的大学和研究机构维护。
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=mpi_job_test
#SBATCH --output=testSlurmJob.%j.out
#SBATCH --error=testSlurmJob.%j.err
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --account=[budget]
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH --qos=[qos]
module load gromacs/2020.3
#before compute
gmx_mpi grompp -f pme.mdp
#begin compute
mpirun gmx_mpi mdrun -dlb yes -v -nsteps 10000 -resethway -noconfout -pin on -ntomp 1 -s topol.tpr
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=lp_job_test
#SBATCH --output=testSlurmJob.%j.out
#SBATCH --error=testSlurmJob.%j.err
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --account=[budget]
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --qos=[qos]
#SBATCH --gres=gpu:1
srun hostname >./hostfile
echo $SLURM_NTASKS
echo "Date = $(date)"
echo "Hostname = $(hostname -s)"
echo "Working Directory = $(pwd)"
echo ""
echo "Number of Nodes Allocated = $SLURM_JOB_NUM_NODES"
echo "Number of Tasks Allocated = $SLURM_NTASKS"
echo "Number of Cores/Task Allocated = $SLURM_CPUS_PER_TASK"
echo $SLURM_NPROCS
module load gromacs/2020.3-gpu
#get the md expample
gmx_mpi grompp -f md.mdp -c init.gro -p fws_plus.top -o md.tpr -maxwarn 5
#run md
gmx_mpi mdrun -deffnm md
#mpirun gmx_mpi mdrun -nsteps 50000 -v -deffnm npt-nopr -pin on -nb gpu -pme cpu -ntomp 8 -gpu_id 0123
mpirun gmx_mpi mdrun -nsteps 50000 -v -deffnm npt-nopr -pin on -nb gpu -pme cpu -ntomp $SLURM_NPROCS -gpu_id 0