DeepMD-kit

DeepMD-kit 是一个用于分子动力学模拟的开源软件包，基于深度学习技术。它能够高效地处理大规模分子系统，并提供高精度的能量和力预测。DeepMD-kit 支持多种神经网络架构，用户可以根据需要选择合适的模型进行计算。该软件包广泛应用于材料科学、化学和生物物理等领域。

如何使用

嘉庚智算上的 DeepMD-kit 由 AI4EC Lab 负责维护，需要通过 conda 加载使用。

您可以通过以下命令查看所有可用的 DeepMD-kit conda 环境

ls -1d /public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/*/

/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/2024q1/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/2024q1-cuda118/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/2024q1-cuda120/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/2024q1-fix/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/2.2.2/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/2.2.4/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/2.2.6/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/2.2.7/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/2.2.8/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/2.2.9/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/3.0.0/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/3.0.0a0/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/3.0.0b0-cuda118/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/3.1.0a0/
/public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/ec-MLP/

一个完整的 sbatch 脚本示例如下 (请按实际需要修改参数)

#!/bin/bash
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --job-name=deepmd
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --mem=192G

module purge

module load miniconda/24.11.1
source activate /public/groups/ai4ec/libs/conda/deepmd/3.0.0/

dp train input.json

以上 conda 环境也同时安装了 LAMMPS 以配合 DeepMD-kit 使用， 您可以在加载环境后直接通过 lmp 命令运行 LAMMPS 脚本。